Призрак в доспехах 2.0

В 2029 году, с развитием кибернетических технологий, человеческое тело может быть «дополнено» или даже полностью заменено кибернетическими частями. Еще одно важное достижение - кибер-мозг, механическая оболочка человеческого мозга, обеспечивающая доступ к Интернету и другим сетям. Часто упоминаемый термин - «призрак», относящийся к сознанию, обитающему в теле («оболочке»). Майор Мотоко Кусанаги - лидер штурмовой группы 9-го отдела общественной безопасности «Нового портового города» в Японии. После погони они ловят мусорщика и головореза. Тем не менее, они оба - просто взломанные призраками люди, не имеющие ни малейшего представления о Хозяине Марионеток. Расследование снова заходит в тупик. Megatech Body, производитель «снарядов», предположительно связанный с правительством, был взломан и собирает кибернетическое тело.

Тело убегает, но его сбивает грузовик. В то время как Раздел 9 изучает тело, они находят человеческое «привидение» внутри своего компьютерного мозга. Неожиданно прибывает глава отделения 6 Накамура, чтобы забрать тело. После того, как Кукольник начинает краткое обсуждение того, что представляет собой человек, замаскированный агент, сопровождающий Накамуру, отвлекает его и уходит. Подозревая грубую игру, команда Кусанаги готова и немедленно преследует агента. Тем временем Секция 9 расследует "Проект 2501", упомянутый ранее Кукольником, и находит связь с Дайтой, которой Секция 6 пытается помешать покинуть страну. Снайперы Секции 6 подходят к зданию, намереваясь уничтожить Хозяина Марионеток и мозги Кусанаги, чтобы прикрыть Проект 2501. Оболочка Хозяина Марионеток разрушена, но Бато вовремя защищает голову Кусанаги, чтобы спасти его мозг. Когда Секция 9 приближается к месту, снайперы отступают. «Кусанаги» просыпается в конспиративном доме Бато с головой его предыдущей оболочки, прикрепленной к новому телу мальчика-киборга.