Исчезновение Харухи Судзумии

Аниме рассказывает о девочке по имени Харухи Судзумии и о её внезапном исчезновении. Ничего не предвещало беды, был обычный школьный день, мальчик Кён (так звали друга Харухи), явился в школу на уроки. Ещё с утра у Кёна было плохое настроение, причину которой, мальчик не мог понять. Войдя в класс, со своей болтовнёй к нему начал приставать приятель Танигути, но так как мальчик не всегда говорил о разумных и нужных вещах, то Кён просто отмахнулся от него и пошёл в класс. Взглянув на место, которое прежде занимала Харуха Судзуми, он увидел совершенно другую девушку по имени Рёко Асакура. Вот тогда юношу осенило, почему с утра у него было такое паршивое настроение.

Мальчика удивляет, почему исчезновение девушки никто не замечает кроме него. Теперь главному герою предстоит попытаться разыскать одноклассницу и глубоко вникнуть в тайну её исчезновения. Ему удаётся узнать, что девушка, накануне исчезновения собиралась организовывать в школе празднование Рождества, и не собиралась в ближайшее время, куда-либо отлучаться. Единственной ниточкой, ведущей к разгадке, является небольшой кусочек цветной бумаги. На ней были написаны желания, оставленные Юки-пришелицей, в которых сообщается о некой программе, для запуска которой, нужно собрать «ключи».